Głównym zadaniem Rady Programowej jest pełnienie funkcji doradczej i opiniodawczej w sprawach związanych z działalnością statutową CNMW, opiniowanie programu działalności Centrum oraz sprawozdań z jego wykonania, a także promowanie idei CNMW w kraju, za granicą oraz poszukiwanie różnorodnych form wsparcia, zwłaszcza finansowego i programowego.
W obecnej kadencji (2018-2021) Radę Programową Centrum Nowoczesności Młyn Wiedzy tworzą:
- Izabela Ziętara – Przewodnicząca
- dr n. med. Marek Jurgowiak – Z-ca Przewodniczącej
- Łukasz Bartosik – Sekretarz
- prof. dr hab. Krystyna Szafraniec
- prof. dr hab. Maria Antonina Lewicka
- prof. dr hab. Bogusław Buszewski
- prof. dr hab. Włodzisław Duch
- prof. dr hab. Leon Andrzejewski
- prof. dr hab. Andrzej Kus
- prof. dr hab. Jerzy Łukaszewicz
- Elżbieta Dzikowska
- Jarosław Józefowicz
- dr Maja Lewandowska-Robak
Rada Programowa w kadencji 2015-2018:
- prof. dr hab. Bogusław Buszewski
- prof. dr hab. Włodzisław Duch
- prof. dr hab. Leon Andrzejewski
- prof. dr hab. Andrzej Kus
- dr hab. Jerzy Łukaszewicz, prof. UMK
- dr hab. Janusz Leon Wiśniewski – Z-ca Przewodniczącej
- dr hab. Jan Iwaniszewski
- dr n. med. Marek Jurgowiak – Sekretarz
- Elżbieta Dzikowska
- Jarosław Józefowicz
- Izabela Ziętara – Przewodnicząca
- Łukasz Bartosik
- dr Maja Lewandowska-Robak
Rada Programowa w kadencji 2012-2015:
- Anna Broniewicz
- prof. dr hab. Bogusław Buszewski
- Elżbieta Dzikowska
- dr hab. Jan Iwaniszewski
- dr n. med. Marek Jurgowiak
- prof. dr hab. Jerzy Łukaszewicz
- dr hab. Zbigniew Podgórski
- dr hab. Janusz Leon Wiśniewski
- Izabela Ziętara
Funkcjonowanie Rady Programowej reguluje statut Centrum Nowoczesności Młyn Wiedzy.