Głównym zadaniem Rady Programowej jest pełnienie funkcji doradczej i opiniodawczej w sprawach związanych z działalnością statutową CNMW, opiniowanie programu działalności Centrum oraz sprawozdań z jego wykonania, a także promowanie idei CNMW w kraju, za granicą oraz poszukiwanie różnorodnych form wsparcia, zwłaszcza finansowego i programowego.
Członków Rady Programowej powołuje Prezydent Miasta Torunia w szczególności spośród osób reprezentujących środowiska naukowe, techniczne i edukacyjne oraz inne związane programowo z zakresem działalności Centrum. Kadencja Rady trwa 3 lata. Członkinie i członkowie Rady pełnią swoją funkcję społecznie.
Skład Rady Programowej CNMW na lata 2021-2024 (w kolejności alfabetycznej):
- prof. dr hab. Leon Andrzejewski (UMK)
- prof. dr hab. Bogusław Buszewski (UMK)
- prof. dr hab. Włodzisław Duch (UMK)
- prof. dr hab. Ireneusz Grabowski (UMK)
- Maciej Jakimiec (Fundacja Copernicus Project)
- Jarosław Józefowicz (Toruńskie Zakłady Materiałów Opatrunkowych)
- dr Marek Jurgowiak (Collegium Medicum UMK)
- dr Maja Lewandowska-Robak
- prof. dr hab. Maria Antonina Lewicka (UMK)
- prof. dr hab. Jerzy Łukaszewicz (UMK)
- prof. dr hab. Krystyna Szafraniec (UMK)
- prof. dr hab. Wojciech Wysota (UMK)
- Izabela Ziętara (Szkoła Podstawowa nr 4 z oddziałami dwujęzycznymi w Toruniu)
Przewodniczącą Rady Programowej pozostała Izabela Ziętara, z-cą Przewodniczącej dr Marek Jurgowiak, a sekretarzem wybrano prof. dr hab. Krystynę Szafraniec.
Pracę w Radzie Programowej zakończyli: Elżbieta Dzikowska, prof. dr hab. Andrzej Kus oraz dr Łukasz Bartosik.